تعتبر من أكبر هيئات وزارة النقل الاتحادية, مسؤولة عن إدارة الموانئ البحرية في البلاد، وهي بورتسوان، سواكن (ميناء عثمان دقنة), أوسيف بالإضافة إلى مينائي كوستي وسلوم الجاف . لقد صاحب عمل الموانئ تطور كبير خلال السنوات الأخيرة لمقابلة احتياجات ومتطلبات النقل البحري نتيجة إلى الزيادة الكبيرة في حجم البضائع المتداولة (وارد+صادر) .
وتحتل هيئة الموانئ البحرية السودانية أهمية كبرى على ساحل البحر الأحمر، حيث يبلغ طول ساحل السودان قبل تقسيمه أكثر من 800 كيلو متر، وتمتلك الهيئة موانئ متخصصة في مجالات البضائع العامة، الحاويات، الحبوب، السوائل وفي نقل الماشية كما أنها تقوم الآن بتحديث برامج متقدمة لتطوير الأداء وتبسيط وتسهيل الاجراءات لتكون الموانئ السودانية جاذبة لتجارة دول الجوار والاقليم الأفريقي .
وتقوم الموانئ بعمليات تصدير واستيراد ضخمة ويأتى على رأسها ميناء بورسودان وما يضمه من موانئ، أكبرها الميناء الجنوبى المتخصص فى استقبال الحاويات، والميناء «الأخضر» لإستقبال البواخر المحملة بالبضائع، وميناء «سواكن» المتخصص فى خدمة الركاب والبضائع المتوجهة غالبا إلى جدة فى المملكة العربية السعودية .
الموقع :
يعتبر مرفأ طبيعياً ويقع على خط عرض (39-19) درجة شمالاً وخط طول (37-13) درجة شرقاً فى منتصف الساحل الغربي للبحر الأحمر- يبعد حوالي (1200) كم شمال شرق الخرطوم و (260) كم غرب جدة – عمق مدخل الميناء61 متر وعرضه 274 متر وتبلغ مساحة السطح المائي لخليج الميناء المستغل (1.3) مليون متر مربع .