إجراءات مُثلى سعت إليها الهيئة لتطبيق متلازمة متطلبات المدونة الدولية لأمن الموانئ والمرافق المينائية. حيث أختطت الهيئة نهجاً تصالحياً لإعتماد المدونة من خلال بسط معايير الإشتراطات في كل الموانئ العاملة.
حيث تم إختيار ضباط أمن الخطة في كل ميناء وتم تحديد الموجهات التي تمكن من تحقيق الأهداف المطلوبة ، وتم إعداد خارطة طريق لكل ميناء ، وتم إعداد تمارين طوارئ تحسباً لأي مستجدات وتم تبيان نقاط القوة مع معالجة نقاط الضعف . كما تم تركيب الكاميرات الإلكترونية كخطوة متقدمة وتم مراعاة البعد الأمني دون تأخير في الزمن او تعقيد في الإجراء ، وتم تنفيذ دورات تدريبية متوالية في التعريف بمتطلبات المدونة الدولية بمركز التدريب ، كما تم تكوين لجنة عليا بقيادة القيادات الإدارية العليا للجهات المشاركة في تنفيذ مسار الخطة ومحصلتها ، وتم تكوين لجنة ميدانية تضم الجهات المباشرة لدورة العمل للتنفيذ والتنسيق المباشر .
وحالياً حققت اللجنة تقدماً إيجابياً من خلال التعاون البناء مع خفر السواحل الامريكي ، والذي أشاد تطبيق السودان عبر هيئة الموانئ البحرية لبنود متطلبات المدونة الدولية ..